Dès la déclaration de guerre, une grande partie des 406.000 hommes des forces françaises d'Afrique du nord sont dirigées vers le Maroc (par crainte d'une attaque espagnole), vers le Levant et, surtout, vers la France. Sur le front européen, la première division marocaine participe aux combats de Gembloux des 15 et 16 mai 1940 et les spahis marocains et algériens sont écrasés par les blindés et l'artillerie allemande à La Horgne, près de Sedan, le 15 mai.

Après le rembarquement des Anglais à Dunkerque entre le 28 mai et le 3 juin, la France signe un armistice avec l'Allemagne le 22 juin 1940 à Rethondes et avec l'Italie le 24 juin à Rome. Quant aux Espagnols, ils occupent Tanger en 1940 et n'en partiront qu'en 1945.  

La plupart des gouverneurs et résidents français refusent de suivre De Gaulle, à l'exception de ceux de l'AEF, des Établissements français de l'Inde et des Nouvelles-Hébrides (9 juillet 1940), de Tahiti (2 septembre) et de Nouvelle-Calédonie (19 septembre).  

Les accords d'Armistice stipulent que la France, en particulier la marine, restera neutre. 

Toutefois, dans plusieurs territoires d'outre-mer, le gouvernement de Vichy continue la guerre, surtout de manière défensive, pour tenter d'éviter les dissidences et les empiétements des Espagnols, des Italiens, des Japonais et… des Anglais.

EN ALGERIE, le 3 juillet 1940, une escadre britannique ouvre le feu sur l'escadre française ancrée à Mers El-Kébir, près d'Oran. Il y a 1297 morts et 351 blessés parmi les équipages français.

Cinq jours plus tard, une escadrille anglaise

Une escadre de Vichy coule la flotte siamoise

EN INDOCHINE, les Japonais passent à l'attaque en septembre 1940 parce que les Français leur interdisent de traverser leur territoire pour envahir la Chine. Les Siamois revendiquent les régions rattachées à l'Indochine en 1907, mais une escadre de Vichy anéantit leur flotte à Kho-Chang le 17 janvier 1941. Néanmoins, le Siam (l'actuelle Thaïlande), grâce au soutien politique des Japonais, récupère la rive droite laotienne du Mékong et les provinces cambodgiennes de Sisophong et de Battambang.

L'invasion de l'URSS par les Allemands le 12 juin 1941 et l'attaque de la base 
 

américaine de Pearl Harbour par les Japonais le 7 décembre 1941 donnent une nouvelle dimension au conflit.

EN AFRIQUE DU NORD, un calme fragile est maintenu malgré les pressions espagnoles et italiennes.

En Tunisie, des manifestations antijuives organisées par des nationalistes musulmans ont lieu aux cris de "Vive Hitler" et "Vive Mussolini" à la fin de l'année 1940 et en 1941.

En Algérie, un an après la débâcle de 1940, le général Weygand a pour mission de reconstituer en Afrique du nord une armée de 127.000 hommes, un effectif qui, malgré les contrôles, sera doublé avant le débarquement anglo-américain.

A PARTIR DE L'AEF, le capitaine Leclerc de Hautecloque, à la tête d'une colonne, forte de 400 hommes (dont 300 Africains), confirme de façon symbolique, par la prise de l'oasis italienne de Koufra en mars 1941, la présence militaire des Français aux côtés des Britanniques.  

Premières défaites italiennes

EN AFRIQUE ORIENTALE ITALIENNE (Erythrée, Somalia et, depuis 1936, Ethiopie), Rome dispose d'une armée de 342.000 hommes (dont 92.000 Italiens). Cette armée s'empare du Somaliland britannique entre le 5 et le 19 août 1940, mais les Britanniques reprennent le contrôle de leur territoire au début de 1941, puis occupent Mogadiscio, capitale de la Somalia italienne, Keren en Erythrée le 27 mars, puis Addis-Abéba le 6 avril, ce qui conduit à la capitulation du duc d'Aoste le 16 mai 1941.

Par ailleurs, la flotte britannique impose à la Côte française des Somalis un blocus qui provoque une épouvantable famine, mais le territoire ne passe dans le camp allié que le 26 décembre 1942.

Contre l'Egypte, l'armée italienne de Libye passe à l'offensive le 13 septembre 1940. Le général Archibald Wavel n'a que 63.000 hommes et ne peut espérer de renforts de Grande-Bretagne, car la flotte italienne, malgré les dommages subis au large de la Sardaigne et de la Calabre les 8 et 9 juillet et à Tarente en novembre, est encore en position de force en Méditerranée. Toutefois, le 9 décembre, il contraint les forces italiennes, mal retranchées à Sidi-Barani, à effectuer une retraite précipitée de 600 kilomètres et à abandonner 130.000 prisonniers en deux

mois de combats.  

Rêvant d'effacer la défaite italienne et de s'emparer du pétrole du Moyen-Orient, Hitler envoie Rommel en Libye avec l'Afrikakorps. Ce dernier, repousse, du 24 mars au 30 mai 1941, les Britanniques vers l'Egypte.

Toutefois, l'éviction le 30 mai 1941 par les Anglais du général Rachid Ali qui avait pris le pouvoir en Irak le 3 avril avec l'aide des Allemands, écarte définitivement toute possibilité pour Hitler d'effectuer une jonction entre ses forces de Russie et celles d'Afrique.

EN SYRIE, à partir du 8 juin 1941, des forces britanniques, appuyées par des légionnaires français et des renforts australiens, attaquent les troupes de Vichy. Damas est prise le 21 juin et Alep le 12 juillet. Après l'arrêt des hostilités le 24 juillet, 32.000 soldats métropolitains et nord-africains choisissent de regagner la France. Seuls 5.600 (parmi lesquels environ 1.500 tirailleurs sénégalais, 690 légionnaires et 980 Nord-africains) dont 127 officiers rejoignent les FFL.

Au même moment, Weygand, délégué général de Vichy à Alger (avril-novembre 1941), passe un accord secret avec Robert 

Murphy, représentant personnel du président Roosevelt. Cet accord qui envisage le ralliement de l'Armée d'Afrique aux Alliés en cas de débarquement américain au Maghreb, est approuvé à Vichy et à Washington. Weygand qui, comme les gouverneurs Pierre Boisson,  Jean Abrial et Jean-Pierre Estéva, est opposé à une collaboration avec le Reich, est rappelé à Vichy le 18 novembre 1941 à la demande des Allemands.

Entre-temps, en Libye, Auchinleck, successeur de Wavel depuis le 5 juillet, a reçu le renfort de troupes australiennes, néo-zélandaises, sud-africaines et britanniques. Il contraint les Germano-italiens à reculer à la fin décembre jusqu'à El-Agheïla et à abandonner la Cyrénaïque.

L'UNION SUD-AFRICAINE, malgré des groupes favorables à l'Allemagne, se bat aux côtés des Anglais et fournit 186.000 volontaires (132.000 dans l'armée de terre, 45.000 dans l'aviation et 9.000 dans la marine).

AU CONGO BELGE dont l'uranium servira à la fabrication de la première bombe atomique, les autorités de Léopoldville se rangent dès 1940 aux côtés de leur gouvernement réfugié à Londres.

Les Alliés contre-attaquent en Afrique (1942-1944)

L'ANNEE 1942 marque une intensification de la guerre en Afrique du Nord. Les forces de l'Axe subissent une sévère défaite à El-Alamein le 2 novembre face à Montgomery, chef de la VIII^e Armée britannique, composée de troupes venues de toutes les parties de l'Empire.

Alors que l'armée française d'Afrique s'apprête à faire face, sur le front tunisien, aux forces de Rommel qui se replient de Libye, les Américains et les Britanniques débarquent le 8 novembre 1942 en Algérie et au Maroc. Ni De Gaulle qui est à Londres depuis 1940, ni les généraux Mast et Giraud qui ont des relations suivies avec les Américains depuis mai 1942, ni l'amiral Darlan avec lequel ils ont des contacts depuis l'Armistice, ne sont dans la confidence. Aussi le résident-général Noguès s'oppose-t-il au débarquement. Après trois jours de combats limités au large des côtes marocaines et à l'Oranie, un cessez-le-feu est conclu à Alger. Il est signé par le général américain Mark Clark, l'amiral Darlan (qui rallie, au nom du maréchal Pétain, l'Algérie et l'Empire à la France combattante), les généraux Giraud et Juin, le Gouverneur général de l'Algérie Chatel et le Gouverneur général de l'AOF Pierre Boisson. Les pertes françaises s'élèvent à 490 morts au Maroc et à 94 en Oranie.

Avec l'aval des Américains, Darlan crée un

Conseil impérial et assume le pouvoir. En outre, dès que les forces de l'Axe envahissent le 11 novembre 1942 la partie de la France administrée par le gouvernement de Vichy, Juin donne l'ordre au général Barré, commandant les troupes terrestres en Tunisie, d'interdire la route de l'Algérie aux renforts allemands envoyés d'Italie. Les Français, bien retranchés sur la dorsale tunisienne, parviennent à bloquer la 10^e division de Panzers à Medjez El-Bab, mais les Britanniques, au nord, ne réussissent pas à ouvrir la route de Tunis. Quant aux troupes américaines et françaises, au sud, elles ne peuvent empêcher la prise du port de Gafsa.

A la suite de l'assassinat à Alger de l'amiral Darlan le 24 décembre 1942 par un jeune royaliste partisan du comte de Paris et du général De Gaulle, les Américains traitent avec Giraud (qui a succédé à Darlan à la tête du Conseil impérial). L'armée française d'Afrique dispose, il est vrai, de 153.000 hommes, alors que De Gaulle ne peut revendiquer que les FFL (Forces françaises libres), soit moins de 10.000 hommes.

Toutefois, malgré les promesses américaines, l'Armée d'Afrique est quasiment seule, de novembre 1942 à janvier 1943, pour affronter les renforts germano-italiens envoyés en Tunisie pour protéger la retraite de l'Afrikakorps. En 

fait,  les Américains cherchent à se substituer aux Français qui s'efforcent de reconstituer leur empire éclaté (ralliement aux autorités d'Alger de La Réunion, puis de Djibouti, et restitution fin 1942 de Mayotte et de Madagascar occupés par les Britanniques). Roosevelt propose ainsi au sultan marocain Mohammed Ben Youssef, le 22 janvier 1943, de l'aider dans sa lutte pour l'indépendance.

Le 16 février 1943, les forces de l'Axe font leur jonction en Tunisie. Les Allemands essaient de dresser les Tunisiens destouriens contre leurs adversaires politiques favorables au protectorat. Moncef bey évite de prendre parti ouvertement pour les Allemands. En revanche, son fils et les jeunesses destouriennes soutiennent les forces de l'Axe. Quant à Habib Bourguiba, libéré par les Allemands, il se rend en Italie et prend la parole à Radio-Bari contre la France et les Alliés au début du mois d'avril 1943, puis regagne Tunis.

Rommel met en déroute les forces américaines du général Fredendal qui perdent 150 chars et 2.000 prisonniers, mais les généraux Juin et Anderson, contrairement aux vœux de l'état-major américain qui veut abandonner l'Est algérien, donnent l'ordre de résister autour de Tébessa.  

Medjez El-Bab et Mont Cassin : deux victoires françaises

DE LA FIN FEVRIER A LA MI-MARS 1943, la bataille décisive est engagée. Vingt divisions sont engagées du côté allié et quinze du côté germano-italien. Les forces françaises bloquent les Allemands et les Italiens à Medjez El-Bab, puis le 20 mars à Sbeitla. L'offensive finale des alliés est lancée le 5 mai 1943, les contingents français jouant le rôle principal sur le front de Medjez El-Bab alors que la VIII^e armée britannique attaque au sud. Les Alliés entrent dans Tunis le 7 mai, mais c'est seulement le 13 mai que les Allemands capitulent abandonnant plus de 200.000 prisonniers dont les restes du puissant Afrikakorps.

Rommel a été rappelé à Berlin pour faire face à une prochaine offensive alliée à l'Ouest alors que la chute de Stalingrad en

janvier 1943 marque le début de la contre-offensive soviétique à l'Est. Pendant ce temps, les intrigues politiques se poursuivent à Alger alors qu'à la conférence de Casablanca, Roosevelt se prononce pour un protectorat franco-anglo-américain qui favoriserait l'accession du Maroc à l'indépendance. Le 3 juin 1943, De Gaulle fonde le Comité français de libération nationale (CFLN) présidé à tour de rôle par lui et par Giraud. Un attentat au cours duquel Giraud est grièvement blessé, laisse De Gaulle seul président du Comité.

SUR LE FRONT D'ITALIE, les Allemands abandonnent la Sicile puis la Calabre. Les Marocains libèrent la Corse en octobre 1943 ; les Tabors et les Sénégalais s'emparent de l'île d'Elbe. Toutefois, c'est en Italie, le 28 mai 1944, après dix mois de campagne et cinq grandes offensives infructueuses 

lancées par les Alliés que le Corps expéditionnaire français (créé par Giraud le 18 mars 1943 et placé sous le commandement de Juin), remporte le 11 mai 1944 sa plus éclatante victoire, celle du Garigliano (dite également du Mont Cassin). Cette victoire ouvre aux Alliés la route de Rome, prise le 4 juin 1944, deux jours avant le débarquement en Normandie.

Sous le nom de I^ère Armée, l'armée d'Afrique, dirigée par De Lattre de Tassigny, débarque en Provence le 15 août 1944 avec les forces alliées, enlève Toulon et Marseille. Précédant les Américains, elle libère Dijon, fait sa jonction avec les forces de Normandie à Autun, entre en Alsace, franchit la première le Rhin à Spire, et, après avoir poursuivi le combat en Allemagne, va jusqu'en Autriche.  

Conférences à Brazzaville et à Simla

Avant même la capitulation de l'Allemagne et du Japon en 1945, Français et Britanniques tiennent deux conférences dans le dessein de contrecarrer les projets américains d'administration internationale des colonies.

A BRAZZAVILLE, du 30 janvier au 8 février 1944, la conférence, présidée par De Gaulle, exclut toute idée d'autonomie politique mais prévoit un plan d'industrialisation et l'élection au suffrage universel de députés qui siègeront en 1946 à la Constituante à Paris.